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应用高光谱成像技术鉴定固体显色培养基菌落

日期: 2020-07-09
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Hyperspectral imaging for presumptive identification of bacterial colonies on solid chromogenic culture media

author:Mathilde Guillemota,Rony Midahuena, Delphine Archenyb,Corine Fulchironb,Regis Montvernaya,Guillaume Perrina, Denis F. Leroux*a  aTechnology Research Department, Innovation Unit,bioMérieux SA, Marcy l’Etoile, France; bR&D  Microbiology,bioMérieux SA, La Balme les Grottes,France

BioMérieux致力于研究自动化微生物学实验室,以降低成本 (更少的人力和耗材), 提升性能 (提升灵敏度,机器算法),并通过优化临床实验室工作流,获得可追溯性。在这项研究中, 我们评估了采用高光谱成像技术(HIS)代替人类视觉观测微生物培养解读的可能性。在显色培养基中培养24小时后,通过分析,微生物菌落从19种被过滤细分为6种显色种类(chromID® CPS Elite, bioMérieux, France)。高光谱成像技术在400-900纳米光谱区域采用线阵扫描分析,利用线性混合像元分解算法,并使用专门的漫反射光谱(DRS)作为输入数据,我们采用完全自动化的方法,获得组内100%的分类精度,并没有采用形态信息。为了简化仪器,我们采用了判别力最强的14个光谱通道(多光谱模型之一)或者3个通道(RGB图像模型)评估退化的DRS性能。结果发现,多光谱模型的整体分类性能保持不变,但RGB预测模型退化,这意味着,多光谱解决方案将会带来改善菌落识别的答案。

应用高光谱成像技术鉴定固体显色培养基菌落

应用高光谱成像技术鉴定固体显色培养基菌落

 

 

文献来源:Leroux ProcSpie98873L.pdf

应用高光谱成像技术鉴定固体显色培养基菌落32e124918630d7c907e8a995658e546f.pdf (835.78 KB)


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